В 1948 г. началась Арабо-Израильская война
[55]. В момент ухода англичан из Св. Града
[56]., отдельные его пункты, занятые прежде английской армией, были захвачены частью арабами, частью евреями. РДМ, которая вместе с домами ППО составляла большую группу так называемых «Русских Построек» в центре нового города на границе между арабской и еврейской частью, находилась под охраной английских войск, и словам очевидцев событий того времени, никто не знал, в чьи руки она попадет после 15 мая (день провозглашения независимости Израиля). Лишь в момент ухода англичан, на день ранее назначенного срока, обитатели Миссии увидели израильских боевиков, невозбранно занимавших покинутые англичанами правительственные учреждения в русских домах, в то время как с арабской стороны английские часовые никого не впускали. Небольшой монашеский состав Миссии (9 человек) заранее решил оставаться, чтобы не оставить на произвол судьбы двух храмов и самой Миссии.
Вооруженные силы Израиля заняли покинутые здания. С арабской стороны началась стрельба из орудий. Снаряды всех видов — зажигательные и разрывные — попадали в Миссию и вокруг нее. Бомбардировка продолжалась 28 дней без перерыва, стоившая Миссии жизни одного монаха; другой был ранен в своей келлии. Ежедневные богослужения совершались своим чередом, несмотря на то, что всякий выход из келлии в коридоры и храм был сопряжен с большим риском, ввиду падавших с грохотом снарядов. Еврейское военное управление объявило всех монахов в Миссии под домашним арестом, без права переписки и сношений с внешним миром, без разрешения на это военного губернатора. Через два месяца, однако, было получено разрешение на перевод состава Миссии в старый город вместе с группой арабских военнопленных. В Миссии были оставлены добровольцы иеродиакон Мефодий и монах Никифор с ключами от храмов и помещений для охраны имущества.
Архимандрит Антоний (Синькевич), тогдашний Начальник Миссии, в отчетах митрополиту Анастасию писал о тяжелом положении в Миссии в период войны. Из-за цензуры о. Антоний вынужден был писать отчеты по-английски:
«Утром 1/14 мая. Становилось ясно, что англичане уходят из Иерусалима, и наша Миссия будет захвачена израильтянами. В 8 утра английские часовые еще стояли возле нашего здания, но соседние здания — почта и тюрьма — уже находились в руках израильской армии, и оттуда слышались шум и громкие крики. […]
Мы ожидали смерти и смотрели, с какой стороны ворвутся новые хозяева. Почти сразу израильские солдаты ворвались на второй этаж, и мы слышали их шаги. Но в самой Миссии никто не появлялся целых два часа, и в это время мы чувствовали себя осужденными на смерть.
В 11:30, когда мы с пересохшими ртами стояли в коридоре Миссии, ворвались вооруженные солдаты, выломав дверь из соседнего помещения. Солдаты были нервно возбуждены и ожидали встретить сопротивление. Увидев монахов, они спросили, кто мы. Командующий офицер обратился ко мне по-английски: «Не бойтесь, мы пришли защитить Вас. Где здесь угловая комната?» Немедленно они расположились с автоматами, ручными гранатами и другим оружием в Вашей угловой комнате, в зале и в моем кабинете с телефоном. Постепенно они занимали все больше комнат в этой части Миссии, превращая ее в часть своего штаба. В течение первых нескольких дней, поскольку мы оказались на передовой, обстрелу подвергался каждый, кто выходил наружу или оказывался возле окон. […]
Наше существование в Миссии было более чем угнетенным, поскольку мы чувствовали себя полуворишками в собственном доме! Все происходило по команде израильтян, которые внешне обращались с нами в основном (но не всегда) с натянутой вежливостью. Мы не столько боялись артобстрела, сколько возможной мести, хотя обстрел был очень сильным.
В течение 28 дней Миссия подвергалась ежедневному артиллерийскому обстрелу ежечасно, днем и ночью, Наше здание получило от 100 до 200 прямых попаданий, и бесчисленное количество снарядов упало вокруг здания. О. Феофилакт был убит в своей келье в Миссии снарядом […]. Мы похоронили его во время бомбежек без гроба, в небольшом садике возле малой церкви. О. Николай был ранен в руку осколком при входе в подвал, который он считал безопасной зоной. Снаряды не могли пробить толстые стены, но они иногда попадали через окна и двери. Практически ни одна комната не осталась без повреждений. […]
К счастью, у обеих церквей Миссии пострадали только крыши, а внутри все оставалось почти неповрежденным.
[…] 6 мая, в день Иова Многострадального, в Миссии был проведен обыск. Для нас это было тяжелым испытанием.Вооруженные до зубов люди приказали нам выйти из здания на 3 часа, предварительно обыскав меня. От нас потребовали все ключи, под угрозой, что иначе двери будут просто взломаны. Я попросил подтверждение, и мне показали поспешно написанную бумагу, где говорилось, что «любое сопротивление будет сурово наказываться». Однако вскоре стал ясно, что это представители сил безопасности Хагана, а не обычные бандиты. […].
Через три часа меня пригласили одного. В кабинете было собрано множество наших папок, писем, договоров аренды и многие другие документы, касающиеся нашей недвижимости. Израильские солдаты очень нервничали, они сказали мне, что у них нет времени, поэтому они вынуждены забрать все это на 10 дней. Я попросил у них расписку. Они торопились, поэтому невозможно было составить полный список. Тогда я попросил их хотя бы пересчитать документы, и получил расписку на 78 договоров и других ценных бумаг. Среди бумаг я заметил свою переписку, касающуюся советской кампании против нашей Миссии. Также я увидел новую книгу о. Михаила (Польского — В.П.) «Каноническое положение Высшей Церковной Власти в СССР и за рубежом».
Производившие обыск уехали, а я старался не сломаться окончательно от этого тяжелого удара, хотя я чувствовал себя совсем раздавленным. Это были документы, которые я собирал в течение 15 лет. Мне приходилось ездить по всей Палестине и разыскивать их по старым турецким архивам, прежде чем удалось найти регистрацию наших земель. Часть документов удалось получить после долгих судов; многие были получены согласно Земельному соглашению во время британского правления. В результате основная часть нашей собственности была зарегистрирована должным образом. Теперь казалось, что все эти усилия предприняты зря. […] Потеря этих документов означала потерю собственности. […]
Прошло десять дней, но документов не возвращали. Я мало надеялся на это и боялся, что их передадут новому советскому консулу Ерасову, который, по сообщениям газет, скоро должен был приехать. Через две недели я отправил письмо в Силы безопасности Хагана. Ссылаясь на выданную мне расписку, я указывал, что земельные документы не могут представлять угрозу общественной безопасности; они принадлежат нам и представляют для Миссии большую ценность. Ответа не было. После этого я трижды ходил к военному коменданту и просил его вернуть нам документы, но это тоже было бесполезно.